至于义军俘虏，罪大恶极者直接判处斩首，次之充军辽东沈阳府，再次之被判处辽东修建水泥路与边堡五年。
为了分化兖州地方势力，将原先属于兖州府的阳谷、寿张、东阿、平阴与东平等一州四县划入东昌府，此外，因滋阳损坏严重，府城干脆搬到了运河边的济宁州。
至于原先属于衍圣公府与孟府的庞大土地，因地契被毁，土地直接给了原先的佃农。
而原属于他们两府的庞大财物，拿了一部分出来奖励参与剿灭义军的军队，其它的则被天津府军运回了京城，还是按照原先抄家的分配方法，内廷与户部四六分。
而鲁王府的土地，则因为有地契在手，所以土地再次回到了鲁王府的手上，至于原先鲁王府内的金银财宝与大量家具、字画瓷器等物，虽有不少破坏，但因是徐鸿儒的居所，仍然保留了不少下来。
当在京的孔贞运、孔闻謤与孔闻诗等人，在听说曲阜孔家全部被屠杀殆尽后，一个个吐血三升，醒来后不断上题本请求为孔府之人报仇。
而在刑部大牢好吃好喝伺候着的孔胤植，直到几天后才得知他们曲阜的孔家人遭到了义军的灭门。
得到消息的孔胤植，哪还有原先优哉游哉的样子，彻底变成了一个浑浑噩噩的行尸走肉。
七月二十日，新任兖州知府上题本请求朝廷重修曲阜孔庙与孔林，以及衍圣公府。
当朱由校看到杨嗣昌的这份题本后，冷哼三声后，将其直接留中。
几天后，孔贞运、孔闻謤与孔闻诗等曲阜孔府出身的官员串联朝中科道御史，上题本请求朝廷重修曲阜孔庙、孔林与衍圣公府，并且请求册封新的衍圣公，甚至返还属于孔府的财物与土地。
对于这些人的题本，朱由校依然置之不理！
在看到两轮题本后在，朱由校招来了刚上任不久的新任礼部尚书顾秉谦。
“对于孔贞运与杨嗣昌等人的题本，你如何看待？”朱由校直接开门见山地问道。
“回陛下，臣以为修与不修，当全由陛下圣裁！”顾秉谦选了个十分稳妥的答案，毕竟皇帝的态度还不明朗，他可不敢轻易发表自己的见解。