新皇城通过内部道路分割为东北、东南、西北、西南面积相等的四个地块，以及北侧万岁山，南侧太庙、社稷坛两个区域，原皇城内的建筑全部拆除。

玄武门大街穿越万岁山修建玄武门隧道，西华门大街跨越西苑三海修建西华门大桥。西苑三海进行重新修建，紧邻中环街西侧、南北抵达皇城环街，规划为三座南北朝向东西宽500米，面积相等的椭圆形湖泊，该填埋的地方填埋，该重新开挖的重新开挖。清除淤泥，修建湖堤。

北海、南海与中海相交区域因为椭圆造形，分别形成东西各两座半岛，北海重建30米宽的玉河桥连通东西半岛，也是北海与中海的分界桥。南海新建30米宽的太液桥连通东西半岛，也是南海与中海的分界桥。西华门大街跨越中海。

北海和南海居中重建直径300米的圆形琼华岛和瀛台岛。二岛通过10米宽的琼华桥、瀛台桥分别向南、向北连通玉河桥、太液桥。

琼华岛和瀛台岛定位为仅供皇室使用的休闲娱乐区。四周修建环形的临海步道、游船码头，并从沿海采购白色的海沙，建成人工海滩。

琼华岛和瀛台岛上分别规划建设琼华宫、瀛台宫，各建设风格迥异的16栋合院别墅。

新皇城西北侧、西南侧以及北侧中环街东街以西万岁山地块，依托西苑三海和万岁山，将西苑重建成一座巨大的皇家园林，规划高尔夫球场、足球场等体育设施，供皇室和皇城内工作的文武百官休闲娱乐。

新皇城西北侧、西南侧各规划建设可容纳1万人的军营一座，用于驻扎特勤处安保人员以及中央部门特殊岗位人员。

新皇城东北侧、东南侧中环街东街以东地块，东西宽800米，南北长1350约1600亩土地，利用内部道路分割为六块长宽各约400米的地块，分别修建3米高红墙金瓦围墙进行封闭。东南西北围墙上各修建单檐庑殿坡屋顶小门楼，实行封闭管理。

东北侧每个地块各规划建设400栋总计2400栋合院别墅。合院别墅仅供在职的正三品以上官员以及国家特殊人才居住，官员离职时退还。

东南侧每个区域按照东西十二殿的标准，每个地块各规划建设8栋总计48栋办公楼，作为大明中央各部门的行政办公区。

新皇城南侧的太庙、社稷坛地块，被午门大街分割为东西宽400米，南北长约500米的两个地块。两个地块分别修建3米高红墙金瓦围墙进行封闭。南侧、北侧围墙上修建单檐庑殿坡屋顶小门楼，实行封闭管理。

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太庙参考原貌重建前殿、中殿、后殿三大殿，主体为钢筋混凝土结构。太庙三大殿前各规划进深100米宽400米的广场，广场两侧各100米建设花园。

太庙是中国古代皇帝的宗庙，是皇帝用来祭祀祖先的地方。原奉先殿供奉的大明列祖列宗牌位全部移驻后殿供奉。