新锦衣卫重建后第一任务，接管五城兵马司和巡捕营。

五城兵马司不是一个衙门，而是东、西、南、北、中城兵马司五个衙门的合称。由太祖皇帝朱元璋在南京设置，朱棣迁都后，北京设立五城兵马司。

五城兵马司隶属于兵部，设提督一人总管五城兵马司，各城兵马司设兵马司指挥一名，正六品；设兵马司副指挥两名，正七品，视情况会增减。比如一些无官职的皇亲和嫔妃的亲戚，皇帝会安排他们任兵马司正副指挥，但只挂职不干事。再之下有司吏与典吏，司吏典吏之下是小卒，小卒抽调军中的精锐弓箭手充任。

五城兵马司是集现代公安、消防、城管、市场监管、民政等功能于一身的正六品衙门。

维护京城治安，是兵马司的主要职责，白天夜晚都要定时定点的巡逻。

城市管理方面，主要负责市场监管、市政维护、环卫清洁、人口统计等工作。

市场监管首要的是查验交易时度量衡的标准；其次是负责各类商税的征收；再次是严查伪造银钱。

民政方面，遇到灾年饥荒，难民涌入京城时。五城兵马司作为基层机构，首先要统计需要救助的难民人数，再负责部分救济物资的支领，最后，负责无主或贫困百姓尸体的掩埋。

五城兵马司官小职微，事多钱少，在高官满地的京城，还兼有为皇家和朝廷各大机构做杂活，当免费差役的职能，基本上就是背黑锅的边缘型衙门。

五城兵马司名义上是一个独立机构，它的上级应该是皇帝。但因职小官微，皇帝派了一个巡城御史，监察五城兵马司。随着监管时间延长，巡城御史事实上成为兵马司不是上级的上级。

五城兵马司本来隶属于兵部。隆庆期间，五城兵马司的正指挥必须从科举中选授，科举出身的就是文臣，也就是必须通过吏部。如此兵马司的正指挥从吏部文臣中选，副指挥以下从兵部武将中挑选，二方掣肘的情况开始增多。

弘治时期，从三大营中挑选精锐士兵，成立了巡捕营，职责为捕贼。巡捕营与兵马司没有形成相互竞争关系，反倒是相互拆台，推脱责任。万历时期，强盗在光天化日之下于卢沟桥劫走官银，而卢沟桥属于兵马司与巡捕营的重合区域，二者都没有反应，结果任由强盗大摇大摆的跑了。

明代中后期，东厂与锦衣卫人数大增，厂卫的底层人员不是正式编制，没有工资。这些人为捞取银子，逐渐侵蚀兵马司权力，厂卫势力较大，五城兵马司职小权微，五城兵马司沦为为厂卫或个人牟利的走卒。

五城兵马司初设时，清廉为政，不取分文。但到后来日久弊生，兵马司越来越不管事，成为摆设，甚至同流合污，助纣为虐，不得人心。