军户的主要义务，是出一男丁赴卫所当兵，称作正军，其他的子弟称作馀丁或军馀。正军赴卫所，至少要有一名馀丁随行，以助其生活。

由于军户负担沉重，故多给有田地，且正军免全部差役，而在营馀丁及原籍下的一丁亦可免差役，以保障其生活并供给正军生活。一般正军身死，即以户中壮丁补充。

军丁的分发地点，多以距离原籍地遥远且分散的方式，以防止逃兵。但长途的跋涉加上水土不服，给役卒带来不少痛苦。

正军服役于卫所，必须带妻同行，以安定生活并生儿育女。每一军人有房屋、田地，每月有固定的月粮。但实际情形则常分配不足，行军时则发给口粮，衣装则须自备，武器则由国家以工匠生产。

军士在营，分成守备和屯田二部分，比例不定，按时轮流。大明的军屯田地大约9000万亩。屯田固定上交粮食，以供给守备军及官吏，其目标在养兵而不耗国家财力。

明代中叶以后，卫所军官以及地方文官地主逐渐侵占军屯田地、私役军士耕种，军户制遭到破坏。由于军人生活困苦，逃兵甚多，卫所趋于崩溃。

嘉靖年间，一些卫所的逃亡军士达到总数的80%。由于边患严重，急需兵力，朝廷改采募兵制。

募兵不同于卫所军，不世袭，来去相对自由。但由于募兵制破坏了早期卫守制“兵帅分离”的构想，内阁必须将兵权下放于将领，朝廷无法完全掌控兵权，尤以戚继光的“戚家军”更为有名，军队逐渐转变成为个别军官所拥有的势力。

明朝共设置陕西都司、陕西行都司、山西都司、山西行都司、四川都司、四川行都司、湖广都司、湖广行都司、福建都司、福建行都司、山东都司、河南都司、浙江都司、江西都司、广东都司、广西都司、云南都司、贵州都司、万全都司、辽东都司、大宁都司，21个都司、行都司，以及特设的凤阳中都留守司。

21个都司、行都司中，有13个都司与布政使司同名。行都司是在都司驻守的省城之外，为辅助都司管理而增设的军事机构。

都司卫所本是军事建置，与行政区划无关。但是边境卫所也兼理民事，实际变成地方行政区划。因此，都司卫所有实土、非实土之分。不设府、州、县的地区，卫所兼理民政，为实土卫所，辽东都司全系实土，万全都司大半是实土。

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在东北、西北、西南少数民族地区，明朝建立了羁縻性都司卫所，如奴儿干都司、乌斯藏都司、朵甘都司。设都指挥、指挥、千户、百户等官，由当地部落首领担任，可以世袭，但须接受朝廷的统一节制。

万全都司治所北直隶宣府镇城，管辖北直隶北部和山西部分地区。